Heat Lab 不是什么正经叫法,是我私下给一类生信任务起的绰号:算得多,跑得久,最后先受不了的往往是机器本身。
wet lab 有移液枪、有细胞、有跑胶。
dry lab 有代码、有参数、有结果图。
heat lab 就是把数据丢给服务器,然后自己盯着进度条,听风扇声一点点抬高。散热片大概就是这里的实验台了。
常遇到的麻烦,大概三类
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01
算力永远差一口气
单机跑不动,就换集群、加 GPU;再不行,就只能去云资源那边排队等着。
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02
一等久了就开始心虚
短则几小时,长则好几天。中途干等着的时候,总忍不住怀疑是不是代码哪里写岔了。
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03
机器是真的会热
CPU、内存、GPU 一起顶满,风扇的转速会很老实地告诉你它现在有多拼。
哪些活容易把机器跑热?
- 几十万细胞规模的数据做整合聚类,Seurat 或 Scanpy 跑到中后段,内存和 CPU 常常一起吃紧。
- 全基因组测序做变异检测,比如用 GATK HaplotypeCaller,样本数一上来,工作站基本就满负荷了。
- 跑 AlphaFold 做蛋白结构预测,或者训练基因表达预测模型,epoch 数一多,显卡风扇通常是第一个反应过来的。
说到底 Heat Lab 也还是 dry lab,只是碰上了比较费机器的那一类。下次要是看见谁盯着进度条发呆,身后服务器嗡嗡响个不停,大概就能猜到他在忙什么:
“嘘,他在做 heat lab 实验。”
heat lab / dry lab at full temperature